镇江市疾病预防控制中心前身为镇江市卫生防疫站，始建于1953年1月，现中心是于2001年12月在原市防疫站、血防所、皮防所和健康教育所基础上组建起来的全民事业公益一类单位，承担着全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等七大职能和市卫生行政部门赋予的全市卫生信息化建设、卫生公益服务平台、健康镇江项目、基本公共卫生服务项目等相关业务指导职能，中心先后被授予全国抗击新冠肺炎疫情先进集体、全国卫生系统先进集体、全国救灾防病先进集体、全国地方病防治先进集体、全国医药卫生系统优秀党建品牌、国家药物维持治疗优秀门诊、省级文明单位、省疾控工作先进集体、省抗震救灾工人先锋号、省级价格诚信单位、镇江市跨越发展有功单位等荣誉称号。
中心下设18个科室，其中业务科室12个，行政科室6个。中心占地面积0.37公顷，建筑面积1.48万平方米，现有PⅡ级生物安全实验室7个，万元以上仪器设备347台，10万元以上仪器设备如二代测序仪、化学发光仪、微生物质谱仪、电感耦合等离子体发射光谱质谱仪、气质联用仪等85台，中心获得江苏省计量认证、国家认可实验室资质，拥有检验检测能力400余项，是江苏省职业病诊断和职业卫生服务资质机构、镇江市艾滋病确证中心、卫生检测中心，也是我市检测项目最多、检验能力最强的国家认可实验室。