行政科室

办公室

财务科

总务科

信息科

科研质管科（卫生应急办公室）

组织人事科

业务科室

消毒与病媒生物预防控制科

健康教育与健康促进科

血吸虫病、寄生虫病与地方病预防控制科

检验科

皮肤病性病防治中心（美沙酮门诊）

公共卫生科（食品安全与食源性疾病监测评价科、学校卫生预防控制科）

传染病预防控制科（免疫规划科）

非传染性疾病预防控制科（慢性病预防控制科、基本公共卫生技术技术指导中心办公室）

慢性传染性疾病防制科（艾滋病性病预防控制科）

预防医学科

新区分中心

职业健康与放射防护科